Duplikat - poprawność odliczenia VAT

W toku kontroli przeprowadzonej w spółce z o.o. za styczeń 2000 r. stwierdzono, że w rejestrze faktur VAT zakupu zaewidencjonowano duplikat z 2 stycznia 2000 r. dotyczący faktury VAT z 23 maja 1999 r., wystawionej przez kontrahenta na kwotę netto 24 590,17 zł, podatek VAT 5409,83 zł, który stał się podstawą do obniżenia kwoty podatku należnego za styczeń 2000 r. o kwotę podatku naliczonego wykazanego w duplikacie. W wyniku przeprowadzonych czynności kontrolnych stwierdzono, że spółka otrzymała oryginał ww. faktury VAT. Oryginał jednak zaginął. Zaginięcie faktury spowodowało, ze spółka zwróciła się do kontrahenta o wystawienie duplikatu faktury, który wpłynął w styczniu 2000 r. i został ujęty w ewidencji zakupu i deklaracji VAT-7 za styczeń. W toku postępowania kontrolnego została zakwestionowana poprawność odliczenia podatku VAT z tego duplikatu. Stwierdzono, że duplikat mógłby być podstawą odliczenia podatku VAT w styczniu, tj. w miesiącu jego wpływu, jedynie w sytuacji, gdyby oryginał faktury w ogóle nie wpłynął do spółki. Natomiast w przypadku potwierdzenia, że oryginał faktury był w posiadaniu firmy, odliczenie z duplikatu tej faktury nie było prawnie możliwe. Czy stanowisko urzędu jest prawidłowe? Jak należy traktować otrzymywane i wystawiane duplikaty faktur?